医疗机构污水处理主要是指从医院的诊疗室、化验室、病房、洗衣房、X片照相室和手术室等排放的污水进行处理，其污水来源及成分十分复杂。医疗机构污水中除含有大量的细菌、病毒、虫卵等致病原体外，还含有化学药剂和放射性同位素，具有对空间污染、急性传染和潜伏性传染的几大特征。如果含有病原微生物的医疗污水，不经过消毒、灭活等无害化处理，而直接排入城市下水道，往往会造成水、土壤的污染，严重的会引发各种疾病。